Simon Thern inledde sitt fotbollsspelande i moderklubben IFK Värnamo där han också spelade i A-laget fram tills han värvades av Helsingborgs IF. Debuten i Helsingborg skedde i den fjärde omgången av Allsvenskan, hemma på Olympia mot Syrianska FC den 22 april 2011 då han byttes in i den 83:e minuten och det blev bland annat 23 allsvenska matcher, SM-guld och seger i Svenska cupen under hans första och enda säsong i klubben. Under vintern 2011/12 värvades han av Malmö FF, som då hade Rikard Norling som chefstränare, då parterna kom överens om ett treårsavtal.

I december 2014 meddelade SC Heerenveen att man var överens med Simon Thern om ett kontrakt över tre och ett halvt år. Sammanlagt har Simon Thern spelat 94 allsvenska matcher, varav 70 från start, och svarat för elva mål. Han har även vunnit tre SM-guld (2011, 2013, 2014), Svenska cupen (2011) och Supercupen (2011, 2013, 2014).

Debuten i det svenska A-landslaget skedde den 23 januari 2012 mot Qatar under januariturnén då han byttes in i den 63:e minuten och svarade för ett mål. Sammanlagt har han spelat två A-landskamper, nio U21-landskamper, tre U19-landskamper och två U17-landskamper.