Elin Wahlström, född den 20 januari 1993 på Mälarsjukhuset i Eskilstuna och även uppvuxen i staden, inledde som sexåring sitt fotbollsspelande i moderklubben Eskilstuna Södra FF efter att hennes far varit med och startat det första flicklaget i föreningen. Karriären fortsatte sedan i slutet av maj 2007 till BK Sports flicklag och efter säsongen 2008 lämnade hon klubben för en fortsättning i Eskilstuna United DFF som 2009 spelade i Söderettan där man slutade på tionde plats och åkte ur serien. Debuten för Eskilstuna United DFF skedde hemma mot Linköping Kenty DFF (5–3) inför 78 åskådare på Tunavallen i den sista omgången av Söderettan den 17 oktober 2009. Elin spelade då hela matchen efter att fram tills dess inte ens suttit på bänken i en match. Resten av säsongen spenderade hon med klubbens F17-lag som kom trea i Svenska Spel F17.

2010 vann Eskilstuna United DFF Division II Västra Svealand, nio poäng före Glanshammars IF och ställdes i kvalet till Söderettan mot IFK Norrköping DFK (2–1) och Stuvsta IF (2–1) och vann kvalet efter två segrar. Avancemanget var starten på klubbens marsch mot den svenska toppen. Elin Wahlström startade 14 matcher under säsongen och svarade för två mål. 2011 slutade klubben på sjätte plats i Söderettan och Elin Wahlström spelade samtliga 22 matcherna från start. 2012 kom Eskilstuna United DFF på fjärde plats i Söderettan och Elin Wahlström spelade 17 matcher från start och svarade för två mål, båda borta mot IFK Norrköping DFK (3–4) i den tionde omgången.

2013 bildades Elitettan och Eskilstuna United DFF vann serien, två poäng före AIK, och avancerade därmed till Damallsvenskan där man sedan dess har spelat. Elin Wahlström spelade samtliga 26 seriematcherna från start och svarade för två mål, i de två matcherna mot Älta IF som man vann med 4–1 både borta och hemma.

Debuten för Elin Wahlström i landets högsta serie skedde hemma mot KIF Örebro DFF (2–0) i premiären inför 1 853 åskådare på Tunavallen den 14 april 2014 då hon spelade hela matchen. Det blev sammanlagt 20 matcher, varav 18 från start, i Damallsvenskan då Eskilstuna United DFF som nykomlingar slutade på sjunde plats i tabellen. Hon spelade även två matcher från start som lagkapten i Svenska cupen och svarade för ett mål.

2015 blev det spel i 16 matcher, varav fem från start, i Damallsvenskan då Eskilstuna United DFF slutade tvåa i serien, endast en poäng och målskillnad efter de svenska mästarna FC Rosengård. Hon spelade även tre matcher från start i Svenska cupen.

Säsongen 2016 blev en skadefylld säsong för Elin Wahlström. I januari opererade hon höften och gjorde sedan comeback borta mot Vittsjö GIK (0–1) i Damallsvenskans andra omgång den 24 april 2016 då hon byttes in i den 64:e minuten. I den efterföljande hemmamatchen mot Linköpings FC (1–3) den 28 april 2016 tvingades hon lämna planen på bår i den 31:a minuten efter att vänsterknät vridit sig vid en landning. Efter magnetröntgen på Sophiahemmet i Stockholm några dagar senare kom beskedet att det främre korsbandet var av och operation samt en längre rehabilitering följde.

I maj och juni 2017 satt hon på bänken igen, men hemmamatchen mot Linköpings FC då hon skadade knät blev hennes sista A-lagsmatch med Eskilstuna-klubben för den 2 augusti 2017 gjorde AIK Fotboll klart med henne för resten av säsongen och i december kom parterna överens om ett kontrakt över 2018. Debuten för AIK skedde borta mot IK Uppsala Fotboll (2–3) inför 360 åskådare på Lötens IP i Elitettan den 8 augusti 2017 då Elin spelade hela matchen. Sammanlagt spelade hon 15 tävlingsmatcher, varav 14 från start, för AIK under 2017 då man slutade på tredje plats i Elitettan.

Den 16 juli 2014 togs Elin Wahlström ut av förbundskapten Pia Sundhage till det svenska A-landslagets genrep inför det kommande VM-kvalet mot Polen i augusti. Den 3 augusti 2014 satt hon på bänken då Sverige mötte England (0–4) i en landskamp inför 4 547 åskådare på Victoria Park i Hartlepool.

Hon har även spelat två U23-landskamper för Sverige. Landslagsdebuten skedde i en träningslandskamp mot Norge (0–1) inför 772 åskådare på Linköping Arena den 29 oktober 2014 efter att norskorna avgjort matchen i den 90:e minuten. Elin Wahlström kom in istället för Emma Lennartsson i den 58:e minuten. Den andra U23-landskampen spelade hon på La Manga då Sverige den 26 februari 2015 mötte England (1–3). Elin spelade från start och ersattes av Fanny Andersson i den 69:e minuten.

Elin Wahlström spelade säsongen 2017 i tröja nummer 10.